Son posibles dos conformaciones de silla para el cis-1,3-dimetilciclohexano. La conformación desfavorable tiene los dos grupos metilo en posiciones
axiales, con una interacción
1,3-diaxial entre ellos. La conformación más estable tiene los dos grupos metilo en posiciones ecuatoriales
Los sustituyentes alquilo sobre los anillos de ciclohexano tenderán a
evitar las interacciones 1,3-diaxial. El cis-1,3-dimetilciclohexano puede tener los
dos grupos metilo sobre las posiciones axiales,
pero se prefiere la conformación con los dos metilos en las posiciones ecuatoriales