Un flujo de electrones hace que las moléculas
se ionicen y se fragmenten. La mezcla de iones es acelerada y pasa a través de un
campo magnético, donde las trayectorias de los iones más ligeros se desvían más que las
trayectorias de los iones más pesados. Variando el campo magnético, el espectrómetro permite
registrar la abundancia
de iones de cada masa.
El radio de curvatura exacto de la trayectoria
de un ión depende de la relación masa-carga, simbolizada por m/z. En esta expresión, m es la masa del ión (en uma: unidades de masa atómica) y z es su carga. La mayoría de los iones tiene una carga de +1, por lo que su desviación tendrá un radio
de curvatura que dependerá sólo de la masa.